基因改造的完美杀手47号，在追杀目标时发现对方是自己的基因“妹妹”，而组织正在猎杀他们两人。
47号（蒂莫西·奥利芬特饰）是神秘组织利用5个犯罪头目的DNA改造出的杀手，后脑勺有条形码。他在执行刺杀俄罗斯政客的任务时，遇到神秘女孩尼卡（欧嘉·柯瑞兰寇饰），对方声称自己是47号的“基因备份”——如果47号死亡，她会被激活。组织高层其实是47号的“基因父亲”之一，他想同时回收两人的DNA以创造更完美的“48号”。47号带着尼卡从东欧一路杀回美国总部，途中他发现自己杀人时没有感情，但保护尼卡时会出现“计算之外的动作”。最后在直升机的追杀下，47号将尼卡塞进装甲车，自己用引爆煤气罐的方式制造混乱。结尾尼卡看着新闻报道“杀手已死”，但下一秒47号的声音从背后响起：“那只是一个没有条形码的替身。”然后光头一闪，消失在人海。
游戏改编电影里难得尊重原作的爽片，光头西装配领带成为一代杀马特时尚模板。蒂莫西·奥利芬特的扑克脸下藏着精准的微表情控制，动作戏干净利落像在玩《杀手》游戏。欧嘉·柯瑞兰寇的“人形兵器感”与逐渐觉醒的脆弱感反差强烈。
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